厦门园林植物园俗称“万石植物园”，是一座围绕万石岩水库精心设计的植物园林，依据园内种植引进的植物类别分别建有棕榈岛、南洋杉草坪、蔷薇园、雨林世界、沙生植物区（仙人掌世界）等十多个各具特色的植物专类园区。园内除有植物造景外，还汇集了不少自然奇观和人文胜景，主要有万石湖、“太平石笑”、“天界晓钟”、“中岩玉笏”等。

万石湖：原为万石岩水库，建于1952年，当年为战备水库。园中两大水系水磨坑溪和樵溪汇流于湖。如今已成为植物园景观的核心，北侧松杉园、竹径，南侧为南洋杉草坪，东侧为棕榈岛、百花厅，西侧大坝上成排种植着原产美洲极具南国风韵的华盛顿棕，湖光倒影，别有一番景致。

棕榈岛：突入万石湖的半岛，三面临湖，青山环抱，湖光、山色、倒影融为一体。有数百种棕榈科植树物遍布于水隈、坡上，高低参差，枝叶各异，一片南国小岛风光。棕林深处有仿傣楼形式而筑的茶室，游人到此憩足品茶，可静静领略棕林风光、看雀鸟闲庭信步。湖西侧坝上植有高大硕壮，一线排开的大丝葵、华盛顿棕，湖光倒影成双，别具一番风采。

南洋杉草坪：位于万石湖南侧，占地12万平方米，是园内具有明显特色的景区之一，种植高大挺拔的各种南洋杉，恰到好处地利用缓坡地表现高、大、宽、广的意境，是游人休憩、嬉戏的场所。南洋杉是世界五大著名观赏树种之一，植物园现引种有2属7种，为全国之最。

蔷薇园：位于棕榈岛与万石莲寺之间，依地而修，始建于1995年，是一处以种植蔷薇科植物为主的专类园区，区内有“象鼻峰”和“万笏朝天”等景点。园内有大片草坪，节假日游人如织。园内除了栽种蔷薇、月季外，还种植有梅花、桃花、火棘、绣线菊和木瓜等蔷薇科植物。万笏朝天是厦门旧二十四景中小八景之一。过去万石山上未成片植树，远远望去，怪石层叠。成排的岩石一个朝向，似群臣拿着“奏板”在朝拜天子，故得名“万笏朝天”。“象鼻峰”由两石并成，石间隙极小，酷似象鼻，石上镌刻“象鼻峰”三字，是清朝雍正年间厦门海防同知李璋所提。

雨林世界：以有宽大的板状根，具滴水叶尖，茎上开花，绞杀现象，附生等特点的雨林植物为主。入口区原为部队营房，是当年炮轰金门的“八·二三”炮战后勤作战指挥部，现留下数座条石搭建的石头别墅，是市区为数不多保留完整的花岗岩石建筑群。

沙生植物区（仙人掌世界）：厦门园林植物园仙人掌世界占地面积4万平方米，栽培各类沙生植物32科1200余种。现为中国最大的仙人掌园，分室外展区和展览温室两大部分。室外展区有形如巨瓶的瓶干树、高大雄伟的武伦柱，还有三角大戟、露兜树等，室外大规模种植、展示仙人掌植物在我国还是第一次。展览温室里各种仙人掌植物争奇斗艳：这里有国内自行栽培的最大金琥王，有罕见的金刺般若、霸王树、龟纹木棉，还有南非引种的生石花、棒叶花等小巧玲珑、亲亲可人的多肉植物。